El joven José Gregorio viaja a Caracas en 1878, con casi 14 años, para continuar sus estudios en el Colegio Villegas. Cuando transitaba por sus 17 años recibe el cupo para estudiar en la Universidad Central de Venezuela la carrera de Medicina.
Su permanencia en la UCV lo condujo por un camino donde destacó su dedicación por aprender y sobresalir en su etapa formativa. logrando obtener el título de Médico el 29 de junio de 1888, a los 24 años.
De allí partió a su amado lugar de nacimiento, Isnotú, el pequeño poblado andino donde ejerció con gran mística su profesión hasta el año siguiente, específicamente el 30 de julio de 1889, cuando recibe una beca para continuar su preparación fuera del país.
El gobierno de Venezuela, dirigido por Juan Pablo Rojas Paúl, le otorgó la subvención educativa al Dr. José Gregorio Hernández por recomendación de su profesor Calixto González, y así se fue a preparar a Europa. A finales de 1888, llegó a París, Francia, donde estuvo en varios centros y con los expertos más reconocidos de la medicina francesa, lo cual le permitió obtener conocimientos de alto nivel en materias como:
Microbiología: Amplió sus conocimientos en el laboratorio del profesor Charles Richet.
Histología: Estudió en el laboratorio de Matthias Duval.
Fisiología experimental y Patología experimental: Se formó con el profesor Étienne Jules Marey.
En 1890, llega a Berlín para continuar su etapa de sumar conocimiento y se suma al estudio de Bacteriología en el Instituto de Patología de la capital alemana, detalla el portal de la Universidad Experimental de Los Llanos Occidentales.
Un año después, regresó a Venezuela, con un amplio maletín de proyectos para entregar lo que había aprendido a estudiantes de Medicina por lo que fue el creador de las cátedras de Histología Normal y Patológica, Fisiología Experimental y Bacteriología, y fundó el primer Laboratorio de Fisiología Experimental en el país, poniendo a Venezuela en la vanguardia en Latinoamérica de la medicina moderna.
El presidente de la República de la época, Raimundo Ignacio Andueza Palacio, le asignó a Hernández la responsabilidad de adquirir los equipos y materiales para el laboratorio, consolidando así la primera cátedra de Bacteriología en América el 6 de noviembre de 1891.
